Sceny i postacie historyczne (1)
- Konarski torturowany w celi więziennej (1850)
- Carowie Szujscy wprowadzeni przez Żółkiewskiego na sejm warszawski przed Zygmunta III w roku 1611 (1853)
- Wjazd Henryka Walezego do Krakowa (1853)
- Władysław Jagiełło z Witoldem modlący się przed bitwą pod Grunwaldem (1855)
- Święta Jadwiga wśród ubogich (1855)
- Stańczyk udający ból zębów (1855)
- Piotr z Amiens - Krzyżowiec (1858)
- Zygmunt I nadaje szlachectwo profesorom Uniwersytetu Jagiellońskiego (1858)
- Jan III Sobieski w Częstochowie (szkic) (1859)
- Otrucie królowej Bony (1859)
- Zygmunt August prezentuje na dworze Barbarę Radziwiłłównę (1859)
- Samuel Zborowski prowadzony na śmierć (1860)
- Jan Zamoyski idący obwieścić wyrok śmierci Zborowskiemu (ok. 1860)
- Portret młodej kobiety - królowej Bony (?) (1861)
- Władysław Jagiełło na pobojowisku grunwaldzkim (1861)

Sceny i postacie historyczne (2)
- Zygmunt III Waza (1861)
- Polonia II, ilustracja do Psalmów przeszłości Zygmunta Krasińskiego (1861)
- Jan Kochanowski nad zwłokami Urszulki (szkic) (1861)
- Jan Kochanowski nad zwłokami Urszulki (1862)
- Stańczyk w czasie balu na dworze królowej Bony wobec straconego Smoleńska (1862)
- Konrad Wallenrod (szkic) (1863)
- Zygmunt August z Barbarą na dworze radziwiłłowskim w Wilnie (szkic) (1864)
- Rok 1863 - Polonia (1864)
- Kazanie Skargi  (1864)
- Wyjazd Henryka Pobożnego z Legnicy (1865)
- Ociemniały Wit Stwosz z wnuczką (1865)
- Rejtan - Upadek Polski (1866)
- Sejm w Gąsawie (szkic) (1866)
- Alchemik Sędziwój (1867)
- Władysław Biały w Dijon (1867)

Sceny i postacie historyczne (3)
- Zygmunt August i Barbara na dworze Radziwiłłowskim w Wilnie (1867)
- Święty Kazimierz - królewicz polski (1869)
- Unia Lubelska  (1869)
- Batory pod Pskowem (1872)
- Astronom Kopernik, czyli rozmowa z Bogiem (1872)
- Gamrat i Stańczyk (1873-1878)
- Zawieszenie dzwonu Zygmunta na wieży katedry w roku 1521 w Krakowie (1874)
- Portret hetmana Ostafija Daszkiewicza (1874)
- Iwan Groźny (1875)
- Uczta u Wierzynka (1877)
- Bitwa pod Grunwaldem (1878)
- Bitwa pod Warną (1879)
- Władysław Warneńczyk, fragment obrazu Bitwa pod Warną
- Spór małżeński Gryfiny z Leszkiem Czarnym  (1879)
- Władysław Łokietek zrywający układy z Krzyżakami w Brześciu Kujawskim (1879)

Sceny i postacie historyczne (4)
- Zjazd królów Jagiellonów z cesarzem Maksymilianem pod Wiedniem (1879)
- Zabicie Leszka Białego w Gąsawie (1880)
- Jan III Sobieski wręcza kanonikowi Denhoffowi list do papieża z wiadomością o zwycięstwie nad Turkami pod Wiedniem w r. 1683 (szkic) (1880)
- Dymitr z Goraja wstrzymujący Jadwigę od wyłamania drzwi na zamku królewskim w Krakowie (1881)
- Rzeczpospolita babińska (fragment) (1881)
- Hołd pruski (1882)
- Dziewica Orleańska (szkic) (1883)
- Jan III Sobieski pod Wiedniem (szkic) (1883)
- Sobieski pod Wiedniem (1883)
- Bolesław Chrobry ze Światopełkiem przy Złotej Bramie w Kijowie (1883)
- Jan Żiżka z Trocnowa w bitwie pod Kutną Horą (1884)
- Wernyhora (1884)
- Zamoyski pod Byczyną (szkic) (1884)
- Bohdan Chmielnicki z Tuhaj-Bejem pod Lwowem (1885)
- Tuhaj Bej, fragment obrazu Bohdan Chmielnicki z Tuhaj-Bejem pod Lwowem

Sceny i postacie historyczne (5)
- Śmierć Zygmunta Augusta w Knyszynie (1886)
- Dziewica Orleańska (fragment) (1886)
- Bitwa pod Racławicami (1888)
- Tadeusz Kościuszko i kosynierzy, fragment Bitwy pod Racławicami
- Konstytucja 3 maja 1791 roku (1891)
- Marszałek Stanisław Małachowski, fragment Konstytucji 3 maja 1791 roku
- Carowie Szujscy na sejmie warszawskim (1892)
- Zabójstwo św. Stanisława (szkic) (1892)
- Wyjście żaków z Krakowa w roku 1549 (1893)
- Wyjście żaków z Krakowa w roku 1549 (fragment)
- Śluby Jana Kazimierza (1893)
- Śluby Jana Kazimierza (fragment)

Dzieje cywilizacji (1)
I. Zaprowadzenie chrześcijaństwa R.P. 965. (1889)
II. Koronacja pierwszego króla R.P. 1001. (1889)
II. Fragment.
III. Przyjęcie Żydów R.P. 1096. (1889)
III. Fragment.
IV. W Łęczycy pierwszy sejm. Spisanie praw. Ukrócenie rozbojów. R.P. 1182. (1888)
IV. Fragment.
V. Klęska lignicka. Odrodzenie. R.P. 1241.V. Klęska lignicka. Odrodzenie. R.P. 1241. (1888)
V. Fragment.
VI. Powtórne zajęcie Rusi. Bogactwo i oświata. R.P. 1366. (1888)

Dzieje cywilizacji (2)
VII. Założenie Szkoły Głównej przeniesieniem do Krakowa ugruntowane. R.P. 1361-1399-1400. (1889)
VIII. Chrzest Litwy. R.P. 1387. (1889)
VIII. Fragment.
IX. Wpływ Uniwersytetu na kraj w wieku XV. Nowe prądy. Husytyzm i Humanizm. (1889)
X. Złoty wiek literatury w XVI w. Reformacja. Przewaga katolicyzmu. (1889)
X. Fragment.
XI. Potęga Rzeczypospolitej u zenitu. Złota wolność. Elekcja. R.P. 1573. (1889)
XI. Fragment 1.
XI. Fragment 2.
XII. Konstytucja 3 Maja. Sejm Czteroletni. Komisja edukacyjna. Rozbiór. R.P. 1795. (1889)
XII. Fragment 1.
XII. Fragment 2.
 
Poczet królów i książąt polskich (1)
- Mieszko I (wersja czarno-biała)
- Mieszko I (wersja w kolorze)
- Dobrawa (wersja czarno-biała)
- Bolesław Chrobry (wersja czarno-biała)
- Bolesław Chrobry (wersja w kolorze)
- Mieszko II (wersja czarno-biała)
- Mieszko II (wersja w kolorze)
- Rycheza (wersja czarno-biała)
- Kazimierz Odnowiciel (wersja czarno-biała)
- Kazimierz Odnowiciel (wersja w kolorze)
- Bolesław II Śmiały (wersja czarno-biała)
- Bolesław II Śmiały (wersja w kolorze)
- Władysław I Herman (wersja czarno-biała)
- Władysław I Herman (wersja w kolorze)
- Bolesław III Krzywousty (wersja czarno-biała)
- Bolesław III Krzywousty (wersja w kolorze)
- Władysław II Wygnaniec (wersja czarno-biała)
- Władysław II Wygnaniec (wersja w kolorze)
- Bolesław IV Kędzierzawy (wersja czarno-biała)
- Bolesław IV Kędzierzawy (wersja w kolorze)
- Mieszko III Stary (wersja czarno-biała)
- Mieszko III Stary (wersja w kolorze)

Poczet królów i książąt polskich (2)
- Kazimierz II Sprawiedliwy (wersja czarno-biała)
- Kazimierz II Sprawiedliwy (wersja w kolorze)
- Leszek Biały (wersja czarno-biała)
- Leszek Biały (wersja w kolorze)
- Władysław Laskonogi (wersja czarno-biała)
- Władysław Laskonogi (wersja w kolorze)
- Henryk I Brodaty (wersja czarno-biała)
- Henryk I Brodaty (wersja w kolorze)
- Konrad Mazowiecki (wersja czarno-biała)
- Bolesław V Wstydliwy (wersja czarno-biała)
- Bolesław V Wstydliwy (wersja w kolorze)
- Leszek Czarny (wersja czarno-biała)
- Leszek Czarny (wersja w kolorze)
- Przemysł II (wersja czarno-biała)
- Przemysł II (wersja w kolorze)
- Wacław II (wersja czarno-biała)
- Wacław II (wersja w kolorze)
- Władysław Łokietek (wersja czarno-biała)
- Władysław Łokietek (wersja w kolorze)
- Kazimierz III Wielki (wersja czarno-biała)
- Kazimierz III Wielki (wersja w kolorze)

Poczet królów i książąt polskich (3)
- Ludwik Andegaweński (wersja czarno-biała)
- Ludwik Andegaweński (wersja w kolorze)
- Jadwiga (wersja czarno-biała)
- Jadwiga (wersja w kolorze)
- Władysław II Jagiełło (wersja czarno-biała)
- Władysław II Jagiełło (wersja w kolorze)
- Władysław III Warneńczyk (wersja czarno-biała)
- Władysław III Warneńczyk (wersja w kolorze)
- Kazimierz Jagiellończyk (wersja czarno-biała)
- Kazimierz Jagiellończyk (wersja w kolorze)
- Jan Olbracht (wersja czarno-biała)
- Jan Olbracht (wersja w kolorze)
- Aleksander Jagiellończyk (wersja czarno-biała)
- Aleksander Jagiellończyk (wersja w kolorze)
- Zygmunt I Stary (wersja czarno-biała)
- Zygmunt I Stary (wersja w kolorze)
- Zygmunt II August (wersja czarno-biała)
- Zygmunt II August (wersja w kolorze)
- Henryk Walezy (wersja czarno-biała)
- Henryk Walezy (wersja w kolorze)
- Anna Jagiellonka (wersja czarno-biała)

Poczet królów i książąt polskich (4)
- Stefan Batory (wersja czarno-biała)
- Stefan Batory (wersja w kolorze)
- Zygmunt III Waza (wersja czarno-biała)
- Zygmunt III Waza (wersja w kolorze)
- Władysław IV (wersja czarno-biała)
- Władysław IV (wersja w kolorze)
- Jan Kazimierz (wersja czarno-biała)
- Jan Kazimierz (wersja w kolorze)
- Michał Korybut Wiśniowiecki (wersja czarno-biała)
- Michał Korybut Wiśniowiecki (wersja w kolorze)
- Jan III Sobieski (wersja czarno-biała)
- Jan III Sobieski (wersja w kolorze)
- August II Mocny (wersja czarno-biała)
- August II Mocny (wersja w kolorze)
- Stanisław Leszczyński (wersja czarno-biała)
- Stanisław Leszczyński (wersja w kolorze)
- August III Sas (wersja czarno-biała)
- August III Sas (wersja w kolorze)
- Stanisław August Poniatowski (wersja czarno-biała)
- Stanisław August Poniatowski (wersja w kolorze)

Portrety (1)
- Portret Franciszka Matejki z trojgiem dzieci (1853)
- Portret Leonarda Serafińskiego (1856)
- Żydówka (1856)
- Studium głowy starca (1858)
- Portret Marii Maurizio (1859)
- Portret Parysa Maurizio (1859)
- Portret Marii Matejko - siostry artysty (1859)
- Portret Wiktorii Kosińskiej (1859)
- Portret młodego mężczyzny (1860)
- Portret trojga dzieci artysty (1870)
- Portret Leonarda Serafińskiego (1870)
- Portret Marii Pusłowskiej (1871)
- Portret Łukasza Dobrzańskiego (1873)
- Portret Piotra Moszyńskiego (1874)
- Portret Marceliny Czartoryskiej (1874)

Portrety (2)
- Portret ojca artysty - Franciszka (1877)
- Portret czworga dzieci artysty (1879)
- Portret żony w ślubnej sukni (1879)
- Portret Alfreda Potockiego (1879)
- Portret syna Jerzego na koniu (1882)
- Portret córki Heleny z krogulcem (1882-1883)
- Portret córki Beaty z kanarkiem ( 1882)
- Portret Józefa Szujskiego (1886)
- Autoportret (1887)
- Portret Mikołaja Zyblikiewicza (1887)
- Portret Bony Ossowieckiej (1890)
- Portret Stanisława Tarnowskiego (1890)
- Portret Artura Potockiego (1890)
- Portret Katarzyny Potockiej (1890)
- Portret Henryka Krajewskiego (1892)
- Autoportret (1892)

Polichromie i sztuka sakralna
- Matka Boska z Dzieciątkiem, św. Leonardem i św. Joanną (1858)
- Wskrzeszenie Łazarza (1867)
- Święci Cyryl i Metody (1885)
- Anioł na gotyckim kwiatonie (karton do polichromii kościoła Mariackiego) (1889)
- Anioł  (karton do polichromii kościoła Mariackiego) (1889)
- Anioł  (polichromia w prezbiterium kościoła Mariackiego w Krakowie)
- Anioł grający na dudach  (karton do polichromii kościoła Mariackiego) (bez daty)
- Anioł grający na cytrze (karton do polichromii kościoła Mariackiego) (1890)
- Diabeł śmiejący się (karton do polichromii kościoła Mariackiego) (bez daty)
- Diabeł z głową ptaka (karton do polichromii kościoła Mariackiego) (bez daty)
- Diabeł z rozwartą paszczą (karton do polichromii kościoła Mariackiego) (bez daty)
- Portret księdza Juliana Bukowskiego (karton do polichromii kościoła Mariackiego) (bez daty)
- Konsola w kształcie głowy Tadeusza Stryjeńskiego (karton do polichromii kościoła Mariackiego) (1890) 

Inne obrazy
- Martwa natura - owoce (1852)
- Widok z Wieży Ratuszowej na Rynek i kościół Mariacki w Krakowie (1857)
- Akt męski (1859)
- Wyrok na Matejkę (1867)
- Wnętrze grobu Kazimierza Wielkiego (1869)
- Widok Bebeku pod Konstantynopolem (1872)
- Hassan topi niewierną żonę (Utopiona w Bosforze) (1880)
- Pieśń (1886)

Drzeworyty wykonane wg rysunków Jana Matejki
- Domy drewniane w Wiśniczu w czasie deszczu (1863)
- Domy drewniane w Wiśniczu (1863)
- Kraków. Kostnica przy kościele p.w. świętej Barbary (1866)
- Żegocina. Wnętrze kruchty drewnianego kościoła z 1293 roku (1866)
- Stary Sącz. Kościół klasztorny Panien Klarysek p.w. Świętej Trójcy, kropielnica gotycka (1867)
- Żółkiew. Murowana bożnica renesansowa z XVII wieku (1870)
- Lwów. Wieża katedry ormiańskiej i kolumna św. Krzysztofa, widok od strony cmentarza (1872)
- Lwów. Cerkiew Wołoska, wejście od strony dziedzińca (1873)

Wielkie obrazy (fragmenty):

Batory pod Pskowem
- Batory pod Pskowem (1872)
-------- Szkice --------
- Batory pod Pskowem. Szkic do obrazu. (1869)
- Studium zbroi Stefana Batorego (1871)
------ Fragmenty obrazu ------
- Król Stefan Batory
- Głowa króla
- Władyka połocki Cyprian
- Głowa władyki Cypriana
- Iwan Naszczokin
- Roman Wasiliewicz Ołfierew
- Stanisław Żółkiewski i Baltazar Batory
- Procesja wychodząca z bram miasta

Rejtan
- Rejtan na sejmie warszawskim 1773 roku. (1866)
------ Fragmenty obrazu ------
- Fragment
- Stanisław Szczęsny Potocki, Adam Poniński, Franciszek Ksawery Branicki, a nad nimi...
- ... nad nimi portret carycy Katarzyny
- Tadeusz Rejtan, poseł nowogródzki
- Stanisław Szczęsny Potocki
- Pieniążek, dokumenty i kapelusz na podłodze
- Michał Czartoryski, prymas Michał Poniatowski, Franciszek Salezy Potocki, u góry król Stanisław August
- Nikołaj Repnin z Elżbietą Grabowską i Izabelą Lubomirską

Unia Lubelska
- Unia Lubelska (1869)
------ Fragmenty obrazu ------
- Biskup Walerian Protasewicz Suszkowski i Jan Łaski
- Jan Firlej, arcybiskup Hozjusz i Łukasz Górka
- Król Zygmunt August z krucyfiksem, w tle tkanina z godłem państwa
- Ewangeliarz, na nim ręce prymasa Jakuba Uchańskiego i kasztelana Marcina Zborowskiego
- Tkanina pod Ewangeliarzem
- Dokumenty na dywanie
- Hetman Mikołaj Radziwiłł Rudy i hetman Mikołaj Mielnicki, z lewej kasztelan Marcin Zborowski
- Anna Jagiellonka